الأرتباط بين تعدد اشكال النيوكليوتيدات المفردة rs1042522 and rs1642785 في جين TP53 وسرطان الدم النخاعي الحاد في عينة من سكان بغداد / العراق
محتوى المقالة الرئيسي
الملخص
يمثل سرطان الدم النخاعي الحاد (AML) أكثر أنواع سرطان الدم الحاد انتشارًا بين البالغين تصل نسبته 80% من جميع الحالات. الجين المثبط للورم TP53 هو جين تمت دراسته بشكل متكرر في مرض السرطان .والطفرات في هذا الجين تسبب ما يقارب 50% من الامراض السرطانية. هدفت هذه الدراسة إلى تقييم العلاقة بين اثنين من تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة في جين TP53: rs1042522 ، rs1642785 ومجموعة من المرضى العراقيين الذين يعانون من التشخيص الاولي لسرطان الدم النخاعي الحاد. جمعت عينات الدم من ستين مريضاً 26 ذكور و 34 أناث وستين عينة سيطرة 26 ذكور و 34 أناث متوافقين في الجنس والعمر والعرق. تم استخلاص الحمض النووي الجيني من عينات الدم المجمدة بالكامل باستخدامEasy Pure® Blood Genomic Kit . ثم تم قياس النقاوة والتركيز باستخدام مقياس الطيف الضوئي Nano drop NAS-99. حيث تراوحت قراءات التركيز بين (7-55 نانوغرام / ميكرولتر) وتراوحت النقاوة بين 1.78 - 1.9 تم استخدام تقنيةreal time PCR (High resolution melt (HRM للكشف عن تعدد اشكال النيوكليوتيدات المفردة و كانت تكرارات النمط الجيني لجين TP53 متوافقة مع توازن هاردي-واينبرغ مع وجود فروق معنوية ذات دلالة إحصائية p≤0.05 بين الأنماط الجينية لمجموعة السيطرة والمرضى. كان تكرار النمط الجيني rs1042522 مختلفًا بشكل كبير بين المرضى وافراد السيطرة p = 0.0001، وكان المشاركون الذين لديهم النمط الوراثي GA أكثر عرضة للإصابة بسرطان الدم النخاعي الحاد OR=7.8, 95% CI 3.2–18.4, p = 0.0001. بالإضافة الى تكرار النمط الجيني rs1642785 مختلفًا بشكل كبير بين المرضى و افراد السيطرة p=0.002 والذين يحملون النمط الجيني GA أكثر عرضة للإصابة بسرطان الدم النخاعي الحاد OR=3.5, 95% CI 1.5–8.12, p=0.002.
Received 09/12/2022
Revised 07/03/2023
Accepted 09/03/2023
Published Online First 20/08/2023
تفاصيل المقالة
هذا العمل مرخص بموجب Creative Commons Attribution 4.0 International License.
كيفية الاقتباس
المراجع
Stubbins R.J, Stamenkovic M, Roy C, Rodrigo J, Chung S, Kuchenbauer F.C, et al. Incidence and socioeconomic factors in older adults with acute myeloid leukaemia: Real-world outcomes from apopulation-based cohort. Eur J Haematol. 2022; 108: 437–445. https://doi.org/10.1111/ejh.13752.
Alea FS, Karima.FA, Alaa FA. Evaluation of electrolytes in adult patients with acute leukemia before and after Chemotherapy. Baghdad Sci J. 2013; 10(2): 362-367. https://doi.org/10.21123/bsj.2013.10.2.362-367.
Zjablovskaja P, Florian M. Acute Myeloid Leukemia: Aging and Epigenetics. Cancers. 2019; 12: 103. https://doi.org/10.3390/cancers12010103.
Ghadeer JM. A Modified Support Vector Machine Classifiers Using Stochastic Gradient Descent with Application to Leukemia Cancer Type Dataset. Baghdad Sci J. 2020; 17(4):1255-1266. https://doi.org/10.21123/bsj.2020.17.4.1255
Hafner A, Bulyk M, Jambhekar A, Lahav G. The multiple mechanisms that regulate p53 activity and cell fate. Nat Rev Mol Cell Biol. 2019; 20(4): 199–210. https://doi.org/10.1038/s41580-019-0110-x.
Stein Y, Rotter V, Aloni-Grinstein R. Gain-of-function mutant p53: all the roads lead to tumorigenesis. Int J Mol Sci. 2019; 20 (24): 6197. https://doi.org/10.3390/ijms20246197.
Zhu H, Gao H, Ji Y. Targeting p53-MDM2 interaction by small-molecule inhibitors: learning from MDM2 inhibitors in clinical trials. J Hematol Oncol. 2022; 15(1): 91. https://doi.org/10.1186/s13045-022-01314-3.
Zhao Y, Wu L, Yue X, Zhang C, Wang J, Li J, et al. A polymorphism in the tumor suppressor p53 affects aging and longevity in mouse models. elife. 2018; 7: e34701. https://doi.org/10.7554/eLife.34701
Francisco G, Menezes RR, Eluf-Neto J, Chammas R. Arg72Pro. TP53 polymorphism and cancer susceptibility: a comprehensive meta-analysis of 302 case–control studies. Int J Cancer. 2011; 129 (4): 920-930. https://doi.org/10.1002/ijc.25710.
Whibley C, Pharoah PD, Hollstein M. P53 polymorphisms: Cancer implications. Nat Rev Cancer. 2009; 9: 95–107. https://doi.org/10.1038/nrc2584.
Kazantseva M, Mehta S, Eiholzer RA, Gimenez G, Bowie S, Campbell H, et al. The δ133p53β isoform promotes an immunosuppressive environment leadingto aggressive prostate cancer. Cell Death Dis. 2019; 1: 631. https://doi.org/10.1038/s41419-019-1861-1
Anoushirvani A, Aghabozorgi R, Ahmadi A, Arjomandzadegan M, Sahraei M, Khalili S, et al. Association of rs1042522 SNP with clinic pathologic factors of breast cancer patients in the markazi province of Iran Open Access Maced. J Med Sci. 2018; 6(12): 2277–2282. https://doi.org/10.3889/oamjms.486.
Bulgakova O, Kussainova A, Bersimbaev R. The cell cycle regulatory gene polymorphisms TP53 (rs1042522) and MDM2 (rs2279744) in lung cancer: a meta-analysis. Vavilovskii Zhurnal Genet Selektsii. 2020; 24(7): 777–784. https://doi.org/10.18699/VJ20.673
Matteo F, Giovanna P, Paolo C, Maria LI, Maristella I, Maria RD, et al. Impact on breast cancer susceptibility and clinicopathological traits of common genetic polymorphisms in TP53, MDM2 and ATM genes in Sardinian women. Oncol. Lett. 2022; 24: 331. https://doi.org/10.1111/1759-7714.13467
Wigginton JE, Cutler DJ, Abecasis GR. A note on exact tests of Hardy-Weinberg equilibrium. Am J Hum Genet. 2005; 76: 887–893. https://doi.org/10.1086/429864
Mohammed RK, Ibrahim AA. Distribution of dfrA1 and cat1 antibiotic resistance genes in uropathogenic Escherichia coli isolated from teens pregnant women in Iraq. Iraqi J Sci. 2022; 63(8): 3340–3353. https://doi.org/10.24996/ijs.2022.63.8.9.
Chatzidimopoulos M, Ganopoulos I, Madesis P, Vellios E, Tsaftaris A, and Pappas AC. High-resolution melting (HRM) analysis for rapid detection and characterization of Botrytis cinerea phenotypes resistant to fenhexamid and boscalid. Plant Pathol. 2014a; 63: 1336–1343. https://doi.org/10.1111/ppa.12210.
Bezerra M.F, Coelho-Silva JL, Nascimento JC , Benicio MT, Rocha CR, Machado CG, et al. Association between the TP53 Arg72Pro polymorphism and clinical outcomes in acute myeloid leukemia. Haematologica. 2017; 102:43–46. https://doi.org/10.3324/haematol.2016.155069.
Gu J, Spitz MR, Zhao H, Lin J, Grossman HB, Dinney CP, et al. Roles of tumor suppressor and telomere maintenance genes in cancer and aging - an epidemiological study. Carcinogenesis. 2005; 26: 1741–1747.
Bonafé M, Ceccarelli C, Farabegoli F, Santini D, Taffurelli M, Barbi C, et al. Retention of the p53 codon 72 arginine allele is associated with a reduction of disease-free and overall survival in arginine/proline heterozygous breast cancer patients. Clin Cancer Res. 2003; 9: 4860–4864.
Dumont P, Leu J-J, Della Pietra AC, George DL, and Murphy M. The codon 72 polymorphic variants of p53 have markedly different apoptotic potential. Nat Genet. 2003a; 33: 357–65. https://doi.org/10.1038/ng1093.
Tian X, Dai S, Sun J, Jiang S, Jiang Y. Association between TP53 Arg72Pro polymorphism and leukemia risk: A meta-analysis of 14 case-control studies. Sci Rep. 2016; 6: 24097. https://doi.org/10.1038/srep24097.
Hamadou WS, Besbes S, Bourdon V, Youssef YB, Laatiri MA, Noguchi T, et al. Mutational analysis of TP53 gene in Tunisian familial hematological malignancies and sporadic acute leukemia cases. Fam Cancer. 2017; 16(1): 153–157. https://doi.org/10.1007/s10689-016-9931-3.
Perriaud L, Marcel V, Sagne C, Favaudon V, Guédin A, De Rache A, et al. Impact of G-quadruplex structures and intronic polymorphisms rs17878362 and rs1642785 on basal and ionizing radiation-induced expression of alternative p53 transcripts. Carcinogenesis. 2014; 35: 2706–2715. https://doi.org/10.1093/carcin/bgu206.
Sadia A, Rabbia M, Aisha S, Muhammad A M. Frequencies of TP53 germline variations and identification of two novel 3’UTR variants in a series of head and neck cancer cases view. medRxiv. 2021. https://doi.org/10.1101/2021.09.09.21263314.
Sailaja K, Rao V, Yadav S, Reddy R, Surekha D, Rao N, et al. Intronic SNPs of TP53 gene in chronic myeloid leukemia: Impact on drug response. J Nat Sci Biol Med. 2012; 3(2): 182–185. https://doi.org/10.4103/0976-9668.101910.