الكشف عن الحمض النووي لكيسات دينوفلاجيلات متعددة الأنواع في الرواسب من ثلاثة مصبات أنهار لمضيق ماكاسار وميناء الصيد باستخدام بؤادي جين :COIهل هو مناسب للكشف عن دينوفلاجيلات الحمض النووي؟
DOI:
https://doi.org/10.21123/bsj.2023.7181الكلمات المفتاحية:
بؤادئ , COI دنا اكياس ثنائية الاسواط, مضيق مكاسار, ماروس بانجكيب ومصب جينبيرانخ, تفاعل البلمرة المتسلسلالملخص
تمتلك معظم دينوفلاجيلات كيس راحة في دورة حياتها. ويتطور هذا الكيس في ظروف بيئية غير مواتية. تتطلب الطريقة التقليدية لتحديد كيس الدينوفلاجيلات في الرواسب الطبيعية ملاحظة مورفولوجية وعزل وإنبات وزراعة الأكياس. تفاعل البلمرة المتسلسل يعد طريقة حساسة للغاية للكشف عن أكياس دينوفلاجيلات (dinoflagellate)في الرواسب. إن الهدف من هذه الدراسة هو فحص بواديء جين CO1 وهل يمكن استخدامها للكشف عن الحمض النووي الدنا لأكياس دينوفلاجيلات متعددة الأنواع في الرواسب من مواقع أخذ العينات بالدراسة الحالية. تم استخلاص الحامض النووي DNA لأكياس دينوفلاجيلات من 16 عينة رسوبية. تم استخدام طريقة تفاعل البلمرة المتسلسل باستخدام بؤادي لجين CO1 . ودرس تسلسل DNA لكيسات دينوفلاجيلات باستخدام التطابق (BLAST). أظهرت النتائج أن هناك من اثنان من Clades لأكياس الدينوفلاجيلية من أربعة مواقع للدراسة. سيطرت عينات من مصبات Jeneberang)) و (Maros) و Pangkep)) على Clade 1 ، بينما سيطرت عينات من ميناء (Paotere) على Clade 2. اختلفت المسافة الجينية بين عينات DNA لكيسات الدينوفلاجيلات التي تراوحت بين 0.5 - 0.6. كانت أقرب مسافة وراثية بين عينة JB1 وعينة JB2 ، بينما كانت أبعد مسافة وراثية هي عينة PP1 و PP2. لم يكن CO1 مناسبًا للكشف عن الدنا لكيسات الدينوفلاجيلات بسبب تشخيص دنا واحد فقط ، والذي كان عبارة عن طحلب دياتوم (Licmophora sp).
Received 12/3/2022
Revised 7/10/2022
Accepted 9/10/2022
Published Online First 20/2/2023
المراجع
Park TG, Kim JJ, Kim WJ, Won KM. Development of real-time RT-PCR for detecting viable Cochlodinium polykrikoides (Dinophyceae) cysts in sediment. Harmful Algae. 2016; 60: 36–44. http://dx.doi.org/10.1016/j.hal.2016.10.005
Mertens KN, Rengefors K, Moestrup Ø, Ellegaard M. A review of recent freshwater dinoflagellate cysts: Taxonomy, phylogeny, ecology and palaeocology. Phycologia. 2012; 51(6): 612–9.
Tambaru R, La Nafie YALN, Junaidi AW. Analysis of Causing Factors on the Appearance of Habs in Coastal Water of Makassar. J Ilmu Kelaut Spermonde. 2019; 4(2): 69–73.
Rachman A, Intan MDB, Thoha H, Sianturi OR, Masseret E. Distribution and abundance of Pyrodinium bahamense cyst in the Indonesian waters where HABs was potentially occurred. OLDI (Oseanologi dan Limnol di Indones (Local journal). 2021; 6(1): 37.
Casabianca S, Casabianca A, Riobó P, Franco JM, Vila M, Penna A. Quantification of the toxic dinoflagellate ostreopsis spp. by qPCR Assay in marine aerosol. Environ Sci Technol. 2013; 47(8): 3788–95.
Brosnahan ML, Farzan S, Keafer BA, Sosik HM, Olson RJ, Anderson DM. Complexities of bloom dynamics in the toxic dinoflagellate Alexandrium fundyense revealed through DNA measurements by imaging flow cytometry coupled with species-specific rRNA probes. Deep Res Part II Top Stud Oceanogr. 2014; 103: 185–98. http://dx.doi.org/10.1016/j.dsr2.2013.05.034
Park BS, Wang P, Kim JH, Kim JH, Gobler CJ, Han MS. Resolving the intra-specific succession within Cochlodinium polykrikoides populations in southern Korean coastal waters via use of quantitative PCR assays. Harmful Algae. 2014; 37: 133–41. http://dx.doi.org/10.1016/j.hal.2014.04.019
Kim JH, Kim JH, Wang P, Park BS, Han MS. An improved quantitative real-time PCR assay for the enumeration of Heterosigma akashiwo (Raphidophyceae) cysts using a DNA debris removal method and a cyst-based standard curve. PLoS One. 2016; 11(1): 1–17.
Moreno Díaz de la Espina S, Alverca E, Cuadrado A, Franca S. Organization of the genome and gene expression in a nuclear environment lacking histones and nucleosomes: The amazing dinoflagellates. Eur J Cell Biol. 2005; 84(2–3): 137–49.
Figueroa RI, Cuadrado A, Stüken A, Rodríguez F, Fraga S. Ribosomal DNA Organization Patterns within the Dinoflagellate Genus Alexandrium as Revealed by FISH: Life Cycle and Evolutionary Implications. Protist. 2014; 165(3): 343–63. http://dx.doi.org/10.1016/j.protis.2014.04.001
Casabianca S, Perini F, Casabianca A, Battocchi C, Giussani V, Chiantore M, et al. Monitoring toxic Ostreopsis cf. ovata in recreational waters using a qPCR based assay. Mar Pollut Bull. 2014; 88(1–2): 102–9. http://dx.doi.org/10.1016/j.marpolbul.2014.09.018
Eckford-Soper LK, Daugbjerg N. Development of a multiplex real-time qPCR assay for simultaneous enumeration of up to four marine toxic bloom-forming microalgal species. Harmful Algae. 2015; 48: 37–43. http://dx.doi.org/10.1016/j.hal.2015.06.009
Dias PJ, Muñoz J, Huisman JM, McDonald JI. Biosecurity monitoring of Harmful Algal Bloom (HAB) species in Western Australian waters: First confirmed record of Alexandrium catenella (Dinophyceae). Bioinvasions Rec. 2015; 4(4): 233–41.
Alyaa Mohammed H, Ali MA, Alnasari MS, Al-Hadban W. Application of Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Technique to estimate genetic distance among some methicillin resistant staphylococcus aureus isolated from different Iraqi hospitals. Baghdad Sci J. 2018; 15(4): 381–6.
Khalil MI. Identification of Cladosporium sp. Fungi by in- silico RFLP-PCR. Baghdad Sci J. 2020; 17(1): 220–6.
Perini F, Casabianca A, Battocchi C, Accoroni S, Totti C, Penna A. New approach using the real-time PCR method for estimation of the toxic marine dinoflagellate Ostreopsis cf. ovata in marine environment. PLoS One. 2011; 6(3): 1–9.
Pawlowski J, Audic S, Adl S, Bass D, Belbahri L, Berney C, et al. CBOL Protist Working Group: Barcoding Eukaryotic Richness beyond the Animal, Plant, and Fungal Kingdoms. PLoS Biol. 2012; 10(11).
Hoppenrath M, Reñé A, Satta CT, Yamaguchi A, Leander BS. Morphology and Molecular Phylogeny of a New Marine, Sand-dwelling Dinoflagellate Genus, Pachena (Dinophyceae), with Descriptions of Three New Species. J Phycol. 2020; 56(3): 798–817.
Rukminasari N, Tahir A. Dinoflagellate cyst composition, abundance, and assemblages in surface sediment of paotere port, makassar, eastern indonesia: Preliminary study for dinoflagellate cyst identification and collection. AACL Bioflux. 2021; 14(3): 1107–17.
Lai JCY, Ng PKL, Davie PJF. A revision of the Portunus pelagicus (Linnaeus, 1758) species complex (Crustacea: Brachyura: Portunidae), with the recognition of four species. Raffles Bull Zool. 2010; 58(2): 199–237.
Hidayani AA, Fujaya Y, Trijuno DDH, Rukminasari N, Alimuddin A. Genetic diversity of blue swimming crab (Portunus pelagicus linn 1758) from indonesian waters (sunda and sahul shelf, wallacea region): Phylogenetic approach. Biodiversitas. 2020; 21(5): 2097–102.
Kumar S, Stecher G, Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets. Mol Biol Evol. 2016; 33(7): 1870–4.
Reñé A, de Salas M, Camp J, Balagué V, Garcés E. A New Clade, Based on Partial LSU rDNA Sequences, of Unarmoured Dinoflagellates. Protist. 2013; 164(5) :673–85.
Ishitani Y, Ujiié Y, Takishita K. Uncovering sibling species in Radiolaria: Evidence for ecological partitioning in a marine planktonic protist. Mol Phylogenet Evol. 2014; 78(1): 215–22. http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2014.05.021
Deng Y, Hu Z, Zhan Z, Ma Z, Tang Y. Differential expressions of an Hsp70 gene in the dinoflagellate Akashiwo sanguinea in response to temperature stress and transition of life cycle and its implications. Harmful Algae. 2015; 50: 57–64. http://dx.doi.org/10.1016/j.hal.2015.10.007
de Bustos A, Figueroa RI, Sixto M, Bravo I, Cuadrado Á. The 5S rRNA genes in Alexandrium: their use as a FISH chromosomal marker in studies of the diversity, cell cycle and sexuality of dinoflagellates. Harmful Algae. 2020; 98(July): 101903. https://doi.org/10.1016/j.hal.2020.101903
Yamaguchi A, Kawamura H, Horiguchi T. A further phylogenetic study of the heterotrophic dinoflagellate genus, Protoperidium (Dinophyceae) based on small and large subunit ribosomal RNA gene sequences. Phycol Res. 2006; 54: 317–29.
التنزيلات
منشور
إصدار
القسم
الرخصة
الحقوق الفكرية (c) 2023 مجلة بغداد للعلوم
هذا العمل مرخص بموجب Creative Commons Attribution 4.0 International License.
كيفية الاقتباس
