تحديد الشفرة الجينية لسبعة أنواع من أسماك الشبوطيات في المياه الداخلية العراقية باستخدام جين COI
DOI:
https://doi.org/10.21123/bsj.2024.9802الكلمات المفتاحية:
سايتوكروم سي أوكيديز، الشبوطيات، شفرة دنأ، العراق، لوشيوباربصالملخص
إن عائلة Cyprinidae هي أكبر عائلة سمكية في المياه الداخلية العراقية. تاريخيا وصفت أنواع الأسماك الشبوطيات بواسطة القياسات المظهرية التقليدية. تعتبر أنواع أسماك عائلة Cyprinidae في العراق مهمة من النواحي البيئية والاقتصادية. في حين أن التشابه المورفولوجي بين أنواع أسماك الشبوطيات جعل تحديد الأنواع ليس أمرا سهلا. اختيرت شفرة الحامض النووي لتأكيد التصنيف وايضاح التنوع الجيني بين الأنواع المتشابهة العائدة للجنس نفسه. جمعت سبعة أنواع من أسماك الشبوطيات Luciobarbus barbulus، L. xanthopterus، L. kersin، L. esocinus، Arabibarbus grypus، Cyprinus carpio، و Acanthobrama marmid من نهر شط العرب والأهوار وخزان سد الموصل. تم تضخيم جين الميتوكوندريا Oxidase C Cytochrome للجين المستهدف وتحليل التتابع النيوكليوتيدي. اختيرت بادئات مخصصة لهذا الغرض. أستخدم برنامج Chromas لمعالجة نتائج التتابع النيوكليوتيدي. وأظهرت النتيجة أن التتابع النيوكليوتيدي تراوح بين 600-657 زوج قاعدي. في حين كشفت الشجرة الوراثية neighbor joining tree المتحصلة من موقع Clustal Omega عن أنواع Luciobarbus الأربعة التي تتجمع في فرعين مركزيين، بينما تباعدت الأنواع الثلاثة الأخرى. وتمت مقارنة توزيع النيوكليوتيدات إحصائيا لأنواع الأسماك المدروسة باستخدام برنامج CLC bio . أثبتت نتائج ترميز الحامض النووي باستخدام تسلسل الجينات COI وجود أربعة أنواع من أسماك Luciobarbus المستقلة. أثبتت الدراسة إن أستخدام جين COI كشفرة وراثية للحامض النووي ناجحا ودقيقا في تحديد الأنواع. أودعت التتابعات في البنك الجيني تحت رموز OM669701 و OM669699 و OM669702 و OM669705 و OM669703 وOM669700 و OM669704. إن هذه الدراسة هي نقطة الانطلاق لمشروع ترميز الحامض النووي لجميع الشفرات الوراثية للأنواع السمكية في المياه الداخلية العراقية. بالإضافة إلى ذلك، ستكون نتائج الدراسة مفيدةً جداً في برنامج الحفاظ على الأنواع المحلية في المياه الداخلية العراقية.
Received 01/10/2023
Revised 18/12/2023
Accepted 20/12/2023
Published Online First 20/06/2024
المراجع
Khalaf KT. The Marine and freshwater fishes of Iraq. Baghdad: Ar-Rabitta Press; 1961; 164 pp.
Martinez-Brown JM, Navarro-Flores J, Garcia-Rodriguez FJ, Ibarra-Castro L, Vargas-Peralta CE, Rio-Portilla M, et al. Revision of the diagnostic characters of two morphologically similar snook species, Centropomus viridis and C. nigreescens (Carangiformes: Centropomidae). Zootaxa 2021; 4915(3): 4915.3.2. https://doi.org/10.11646/zootaxa.4915.3.2.
Rao G, Krishna M, Sujatha K. Phylogenetic Relations and Electrophoretic Identification of Allozyme in Four Species of Snappers. Turk. J. Fish Aquat. Sci. 2017; 17: 1099-1106. https://doi.org/10.4194/1303-2712-v17_6_03
Vreven E, Adepo-Gourene B, Agnese J, Teugels G. Morphometric and allozyme variation in natural populations and cultured strains of the Nile tilapia Oreochromis niloticus (Teleostei; Cichlidae). Belg J Zool. 1998; 128(1): 23-34.
Hebert P, Cywinska A, Ball S, deWaard J. Biological identification through DNA barcodes. Proc Biol Sci. 2003; 270(1512): 313-321. https://doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
Purty R and Chatterjee S. DNA barcoding: an effective technique in molecular taxonomy. Austin J Biotechnol. Bioeng. 2016; 3(1): 1059.
National Center for Biotechnology Information; 2023.
Hulley E, Taylor N, Zarnke A, Somers C, Manzon R, Wilson Y, et al. DNA barcoding vs. morphological identification of larval fish and embryos in Lake Huron: Advantages to a molecular approach. J Great Lakes Res. 2018 44; (5): 1110-1116. https://doi.org/10.1016/j.jglr.2018.07.013
Tang Q, Deng L, Luo Q, Duan Q, Wang X, Zhang R. DNA barcoding of fish species diversity in Guizhou, China. 2023; 15(2): 203. https://doi.org/10.3390/d15020203
Chen W, Ma X, Shen Y, Mao Y, He S. The fish diversity in the upper reaches of Salween River revealed by DNA barcoding. Sci Rep. 2015; 5: 17437. https://doi.org/10.1038/srep17437
Faddagh MS, Husain N, Al-Badran A. DNA fingerprinting of eight cyprinid fish species of Iraqi inland waters using RAPD-PCR. Adv Life Sci. 2012; 2(2): 9-16. https://doi.org/10.5923/j.als.20120202.03
Faddagh MS, Husain N, Al-Badran A Usage mitochondrial 16S rRNA gene as molecular marker in taxonomy of cyprinin fish species (Cyprinidae: Teleostei). JKAU: Mar Sci. 2012; 23(1): 39-49. https://doi.org/10.4197/Mar.23-1.3
Coad B. Freshwater fishes of Iraq. Pensoft Publishers, Bulgaria 2010; 231pp.
Ivanova N and Grainger C Primer sets for DNA barcoding. Canadian Centre for DNA Barcoding (CCDB) 2007; 2pp.
Vu Q, Truong O, Linh T, Dang B. Molecular phylogeny of Cyprinidae and Cobitidae (Teleostei; Cypriniformes) implication for Mekong fish. Proc. ISER 169 Internat. Conf Bangkok Thai. 21-22 Nov. 2018.
Hubert N, Kadarusman Ph, Wibowo A, Busson F, Caruso D, Sulandari S, et al. DNA barcoding of Indonesian freshwater fishes: challenges and prospects. DNA barcodes. 2015; 3(1): 144-169. https://doi.org/10.1515/dna-2015-0018
Bingpeng X, Heshan L, Zhan Z, Chunguang W, Yanguo W, and Hianjun W. DNA barcoding for identification of fish species in the Taiwan Strait. PLoS One. 2018; 13(6): e0198109.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0198109
Pegg C, Sinclair B, Briskey L, Aspden W. MtDNA barcode identification of fish larvae in Southern Great Barrier Reef, Australia. Sci Mar. 2006; 70: 7-12. https://doi.org/10.3989/scimar.2006.70s27
Geiger M, Herder F, Monaghan M, Almada V, Barbieri R, Bariche M, et al. Spatial heterogeneity in the Mediterranean Biodiversity Hotspot affects barcoding accuracy of its freshwater fishes. Mol Ecol Resour 2014;14(6):1210-1221. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12257
Ali F, Ismail M, Aly W. DNA barcoding to characterize biodiversity of freshwater fishes of Egypt. Mol Biol Rep. 2020; 47(8): 5865-5877. https://doi.org/10.1007/s11033-020-05657-3.
التنزيلات
إصدار
القسم
الرخصة
الحقوق الفكرية (c) 2024 Mustafa Sami Faddagh Ziyadi
هذا العمل مرخص بموجب Creative Commons Attribution 4.0 International License.
كيفية الاقتباس
