دراسة نظرية لترابط الادوية مع عدد من البروتينات

محتوى المقالة الرئيسي

Ammar Abdulsattar Ibrahim
https://orcid.org/0000-0002-7085-4074

الملخص

دراسة نظرية لمجموعة مكونة من عشرة مركبات عقاقير تحتوي في التركيب الكيميائي على مجموعة أمينية. تم إدخال البيانات كنموذج للتنبؤ بأفضل قيم عملية محسوبة سابقا (log P). تم حساب قيم هذه الأدوية نظريًا باستخدام أنواع مختلفة من الحسابات وهي AM1 و PM3 و Hartree Fock بالاعتماد على قاعدة الاساس (HF / STO-3G). تم حساب البيانات الفيزيائية والكيميائية مثل (الانتروبي ، الطاقة الكلية ، طاقة جيبس ​​الحرة ، ... إلخ) والتي تلعب دورًا مهمًا في تنبؤ القيم العملية. إلى جانب ذلك ، تم ايجاد القيم HOMO و LUMO. تم ايجاد العلاقة الخطية ومعامل الارتباط بينهما من خلال استخدام البيانات التجريبية مع الخصائص الفيزيائية المحسوبة نظريا، واستخدم التحليل الإحصائي لتحليل البيانات مثل تحليل الانحدار الخطي المتعدد لاشتقاق نماذج العلاقة الكمية بينهم والتي تم تقييمها بشكل أكبر لحساب القيم . وجد انه هناك علاقة خطية ومعامل ارتباط أكثر من (0.980 ، 0.980 ، 0.978) لـ AM1 ، PM3 ، HF / STO-3G على التوالي. تم تطبيق دراسة التداخل لتفاعل الأدوية مع البروتين ، تم ربط جميع الأدوية بالبروتين لإعطاء أفضل طاقة لاستقرارهما. كان نيبافيناك (المركب رقم 8) يمتلك الطاقة الأكثر استقرارًا مع البروتين مقارنة بـ 4. حمض أمينوساليسيليك (المركب رقم 2) الذي يتمتع باستقرار أقل للطاقة.

تفاصيل المقالة

كيفية الاقتباس
1.
دراسة نظرية لترابط الادوية مع عدد من البروتينات. Baghdad Sci.J [انترنت]. 1 أبريل، 2023 [وثق 4 يوليو، 2024];20(2):0319. موجود في: https://bsj.uobaghdad.edu.iq/index.php/BSJ/article/view/7064
القسم
article

كيفية الاقتباس

1.
دراسة نظرية لترابط الادوية مع عدد من البروتينات. Baghdad Sci.J [انترنت]. 1 أبريل، 2023 [وثق 4 يوليو، 2024];20(2):0319. موجود في: https://bsj.uobaghdad.edu.iq/index.php/BSJ/article/view/7064

المراجع

Aczkowski K, Biernasiuk A, Baranowskaa C A, Zavyalova O, Redka M, Malm A. Synthesis, lipophilicity determination, DFT calculation, antifungal and DPPH radical scavenging activities of tetrahydrothiophene-3-one based thiazoles, J Mol Struct. 2018; 1171: 717-725.

M.A. Bakht, Alajmi M.F, Alam P, Alam A, Alam P, Aljarba T M. Theoretical and experimental study on lipophilicity and wound healing activity of ginger compounds. Asian Pac J Trop Biomed. 2014; 4: 329-333.

Mc Bride E, Kretsch A, Garibay L, Brigance K, Frey B, Buss B. Rapid experimental and computational determination of phenethylamine drug analog lipophilicity. Forensic Chem. 2016; 1: 58-65.

Roy K, Saha A. Internet Electron. J Mol Des. 2003; 2: 288-305.

Tiziana G, Javier V, Enric G, Enric H, Francisco J L. Lipophilicity in drug design: an overview of lipophilicity descriptors in 3D-QSAR studies. Future Med Chem. 2019; 11(10): 1177-1193.

Moreira J, Ribeiro D, Silva P, Nazareth N, Monteiro M, Palmeira A. New Alkoxy Flavone Derivatives Targeting Caspases: Synthesis and Antitumor Activity Evaluation. Molecules. 2019; 24: 129.

Teodora C, Claudiu N L, Ildiko L. Lipophilicity as a Central Component of Drug-Like Properties of Chalchones and Flavonoid Derivatives. Molecules. 2019; 24: 1505, doi:10.3390/molecules24081505.

Karadzic M, Loncar D, Benedekovic G, Kovacevic I, Popsavin V, Kocacevic S. A comparative study of chromatographic behavior and lipophilicity of selected natural styryl lactones, their derivatives and analogs. Eur J Pharm Sci. 2017; 105: 99-107.

Andrzej C. Determination of the Lipophilicity of Ibuprofen, Naproxen, Ketoprofen, and Flurbiprofen with Thin-Layer Chromatography. J Chem. 2019; Article ID 3407091: 6, https://doi.org/10.1155/2019/3407091.

Jadranka V O, Jovana B T, Jasna B Trbojevic-Stankovic, Dejan M N, Ratomir M J. Assessment of the relationship between the molecular properties of calcium channel blockers and plasma protein binding data. Arch Biol Sci. 2017; 69(1): 175-179, doi: 10.2298/ABS160609094O.

Mohammad S A, Lijun L, Yong E L, Dong U L. Synthesis, Antibacterial Activity and Quantum-Chemical Studies of Novel 2-Arylidenehydrazinyl-4-arylthiazole Analogues. Chem Pharm Bull. 2011; 59(5): 568-573.

Tetko I V, Varbanov H P, Galanski M, Talmaciu M, Platts J A, Ravera M. Prediction of LogP for Pt(II) and Pt(IV) Complexes: Comparison of Statistical and Quantum-Chemistry Based Approaches. J Inorg Biochem. 2016; 156: 1–13.

Matthias H M, Klose S T, Hristo P V, Doris H, Verena P, Markus G. Development and Validation of Liquid Chromatography-Based Methods to Assess the Lipophilicity of Cytotoxic Platinum(IV) Complexes. Inorganics. 2018; 6: 130; doi:10.3390/inorganics6040130.

Limuddin M, Grant D, Bulloch D, Lee N, Peacock M, Dahl R. Determination of log D via Automated Microfluidic Liquid−Liquid Extraction. J Med Chem. 2008; 51: 5140–5142.

Hawryl A M, Popiołek L P, Hawryl M A, Swieboda R S, Niejedli M A. Chromatographic and calculation methods for analysis of the lipophilicity of newly synthesized thiosemicarbazides and their cyclic analogues 1,2,4-triazol-3-thiones. J Braz Chem Soc. 2015; 26: 1617–1624.

Ammar A Ibrahim, Omer M Yahya, Maher A Ibrahim. Theoretical Prediction of Possible Drug Treatment of COVID-19 using Coumarin Containing Chloroquine Moiety Compounds. Asian J Chem. 2020; 32(12): 3120-3126.

Ammar A Ibrahim. Lipophilicity Determination for Amino-Drugs Compounds Using Theoretical Calculations, Test Eng Manag. July-August 2020: 4636-4645.

Rasha A J, Nafeesa J Kadhim, Ahlam M Farhan. Experimental and Theoretical Study of Neomycin Sulfate as Corrosion Protection for Titanium in Acid Media. Baghdad Sci J. 2021; 18, 2, 2.

Falah A H Mutlak, Ali T Mohi, Tariq J Alwan. Density functional theory study of molecular structure, Electronic properties, UV–Vis spectra on coumarin102. Baghdad Sci J. 2016; 13 , 2.2NCC,2.

Alnajjar R, Mostafa A, Kandeil A, Al-Karmalawy A A. Molecular docking, molecular dynamics, and in vitro studies reveal the potential of angiotensin II receptor blockers to inhibit the COVID-19 main protease. Heliyon . 2020; 6. doi:10.1016/j.heliyon.2020.e05641

Prajapat M, Sarma P, Shekhar N, Avti P, Sinha S, Kaur H. Drug targets for coronavirus: a systematic review. Indian J Pharmacol. 2020; 52: 56–65. DOI: 10.4103/ijp.IJP_115_20

Jairajpuri D S, Hussain A, Nasreen K, Mohammad T, Anjum F, Tabish R M. Identification of natural compounds as potent inhibitors of SARS-CoV-2 main protease using combined docking and molecular dynamics simulations. Saudi J Biol Sci. 2021; 28: 2423–2431. DOI: 10.1016/j.sjbs.2021.01.040

Natalia Sh L, Yury A G, Galina M M, Svetlana V Z, Sergey A Z, Alena S Malyasova. Theoretical and experimental study of interaction of macroheterocyclic compounds with ORF3a of SARS-CoV-2. Scie Rep. 2021; 11:19481 | https://doi.org/10.1038/s41598-021-99072-8.

Lenin A G, Carla A L, Luis S M, Freddy R, Joan V, Aleivi E Perez. Molecular Docking and Molecular Dynamic Study of two Viral Proteins associated with SARS-CoV-2 with Ivermectin, Preprints (www.preprints.org), Posted: 19 April 2020; doi:10.20944/preprints202004.0334.v1.

Ferreira R C, Chaves O A, de Oliveira C H, Ferreira S B, Ferreira V F, Sant’Anna C M. Drug-Protein Interaction: Spectroscopic and Theoretical Analysis on the Association between HSA and 1,4- Naphthoquinone Derivatives. Rev Virtual Quim. 2018; 10, 2: 432-447.

Al-Karmalawy A Ahmed, Dahab A Mohammed, Metwaly M Ahmed, Elhady S Sameh, Eslam B, Elkaeed Ibrahim H Eissa. Molecular Docking and Dynamics Simulation Revealed the Potential Inhibitory Activity of ACEIs Against SARS-CoV-2 Targeting the hACE2 Receptor. Front Chem. May 2021; 9: Article 661230.

Frisch M J, Trucks G W, Schlegel H B, Scuseria G E, Robb M A, Cheeseman J R, et al. Gaussian 03, revision C. 02; Gaussian, Inc. Wallingford, CT, 2004. https://gaussian.com/g03citation

MOE. The Molecular Operating Environment, Version 2005.06, Chemical Computing Group Inc. 2010.

John M Beale, John H Block. Organic medicinal and Pharmaceutical Chemistry, 12th edition, Lippincott Williams & Wilkins, a Wolters Kluwer business, 2011: 976-983.

Edyta R, Barbara D, Justyna S Fiertek, Janusz M. Different Schiff Bases-Structure, Importance and Classification. Molecules, 2022; 27: 787. https://doi.org/10.3390/molecules27030787.

المؤلفات المشابهة

يمكنك أيضاً إبدأ بحثاً متقدماً عن المشابهات لهذا المؤلَّف.